乙型肝炎病毒感染的过程是复杂和多变的，主要影响因素包括感染的年龄、hbv复制程度和宿主的免疫状态，慢性乙型肝炎病毒感染通常包括以下三种情况：
⑴ 伴活动性肝病的早期病毒活跃期-hbeag阳性的慢性肝炎；
⑵ 后期低水平或没有病毒复制的hbeag血清转换阶段；
⑶ 肝脏疾病好转阶段（非活动性携带状态），但hbeag转阴后，有些病人由于hbv病毒变异而不表达hbeag，呈现为活动性肝炎。发病率和死亡率与肝硬化和肝细胞肝癌的发生发展有关，肝硬化代偿期的生存率较高（5年生存率可达到85%），而失代偿期的生存率则很低。无论有否肝硬化，使用α-干扰素治疗后达到降低hbv复制的水平和alt的复常者，可降低发生肝脏相应并发症的危险。
hbv感染及其后遗症是全球重要的健康问题，据估计，全世界约有4亿人是hbv携带者。乙肝的自然病程是很复杂的，同时受到很多因素的影响，包括感染的年龄、病毒因素（hbv基因型、病毒变异和病毒复制的水平）、宿主因素（性别、年龄和免疫状态）和其它外源性因子，如同时感染其它嗜肝病毒和嗜酒等。临床上hbv感染包括从症状不明显的肝炎到急性有症状的肝炎，甚至急性暴发性肝炎，从非活动性hbsag携带状态到慢性肝炎、肝硬化和慢性期并发症，大约15～40%的慢性hbv感染的病人会发展为肝硬化和晚期肝病。确定慢性乙型肝炎的自然史包括疾病的静止阶段，早期缺乏症状阶段和疫病的不均质性是很困难的，了解乙型肝炎的自然史和预后是处理疾病和确定治疗方案的基础。
一、 慢性乙型肝炎病毒感染的自然史
在东南亚、非洲、太平洋岛屿和北极等乙型肝炎感染的高发区，有两条主要的传播途径，即母亲感染围产期的婴儿以及儿童早期受hbsag阳性家庭成员感染的水平传播，而在西方国家等低发区，青少年和成人感染的途径主要是高危的性行为和静脉注射。
hbv感染是基于病毒-宿主相互作用发生的复制和非复制（或低水平复制）一种动态过程。hbv感染有三个阶段，第一阶段为免疫耐受阶段，表现为 hbsag阳性、hbeag阳性和hbv-dna高水平表达，它常见于那些产期感染的病人，并可持续存在数十年，患者临床表现无症状、alt正常或轻度升高，轻度的组织学改变提示对感染的肝细胞缺乏或存在很轻微的免疫反应，转基因小鼠的动物实验证实了hbeag可以引起初生小鼠对hbv的免疫耐受状态。第二阶段为免疫清除阶段，患者免疫耐受消失进入免疫活跃阶段，表现为hbv-dna滴度下降，alt升高和组织学炎症活动，这一阶段可以持续数月到数年。第三阶段为低水平或无复制阶段，这一阶段血清hbv-dna水平明显下降而不能用杂交技术检测出来，随后alt水平恢复正常，肝细胞坏死炎症缓解，血清 hbv-dna仍可以通过高灵敏度的pcr技术检测出阳性，这一阶段也称为非活动性hbsag携带状态。非活动性抗原携带状态可以持续终生，但也有一部分患者随后可能出现自发的或免疫抑制等导致hbv-dna复制，出现伴或不伴hbeag血清转换的hbv-dna滴度升高和alt升高，具体原因不详。前c 区和c区变异株可以通过阻止和下调hbeag表达而引起hbeag的血清转换。
那些hbsag阴性和抗-hbs阳性的病人通常都被认为是乙型肝炎病毒感染恢复期，在慢性hbv感染中是不常见的，在这时用pcr方法可以在血中检测出hbv-dna，而在肝组织中有更高的阳性检出率，在极少数重度免疫抑制的患者中，如肿瘤化疗或器官移植等痊愈期患者肝炎可以重新活动。
二、 围产期、儿童、成人获得性hbv感染的自然史
初生婴儿和儿童，hbv感染通常表现为亚临床型和无黄疸型，相反地，成人hbv感染大约有30～50%为黄疸型肝炎，暴发性肝炎约占成人肝炎的0.1～0.5%，但是急性混合性感染其它肝炎病毒（hdv或hcv）则可以增加暴发性肝炎的死亡率。
感染hbv的年龄是判断慢性化的最好指标，感染的年龄越轻，慢性化的可能性越高，1～5岁的孩子感染hbv后大约有30%成为乙肝携带者， hbsag阳性和hbeag阳性的母亲所生的婴儿则高达90%成为乙肝病毒的携带者，而成年人出现明显的急性肝炎临床症状后则只有1～5%成为乙肝携带者，母亲的高hbv-dna水平可以增加婴儿转为慢性感染的危险性，hbeag阴性/抗-hbe阳性的母亲所生的婴儿不到10%的比例变为持续感染，虽然有很少一部分（约5%）在生命的最初3～4月内可以发展成为有症状的暴发性肝炎。不产生hbeag的hbv变异株似乎更易引起急性或暴发性肝炎。不仅仅是在母亲，而且在那些轻度和暴发性肝炎的孩子体内均可以检测到hbeag缺陷的病毒，提示hbv基因组的不均匀性（异质性）未必是引起初生婴儿肝功能衰竭的内在原因。
临床数据显示围产期感染hbv的患者其免疫耐受期更长，而hbeag自发阴转的几率很小。围产期或出生几年内感染的病毒携带者通常表现为 hbeag阳性，alt正常和轻度肝功能损害的慢性肝炎，大多持续到成年后。很多患者在感染乙肝病毒后10～30年才进入免疫激活阶段，表现为alt水平升高的hbeag阳性慢性肝炎。相反，儿童期感染乙肝病毒的患者则表现为免疫激活和早期出现肝功能损害，hbeag阳性的儿童大多数在青春期出现alt升高，随后出现抗-hbe的血清转换。同样，成年感染hbv和慢性携带者总是表现为免疫激活的肝脏损害。
三、 慢性乙型肝炎的临床表现和原因
1、 hbeag阳性的慢性乙型肝炎
hbeag阳性的慢性乙型肝炎可以持续三十到四十年，男性比女性多，男/女=1.5～4.9.肝脏损害的程度可以从轻度（24～42%）到逐渐加重或重度的慢性肝炎（44%～63%）或肝硬化活动期（10～24%）。儿童期慢乙肝的程度要轻得多，不过，也有小部分儿童可以发生严重的肝脏病变包括肝硬化等。
hbeag阳性的慢性乙型肝炎一个重要的转归就是hbeag的血清转换。数个纵向研究均发现hbeag转换为抗-hbe阳性时，hbv复制明显减少，同时大多数患者生化和组织学上的炎症活动度减轻。e抗原转阴后数月至数年纤维化程度也逐渐减轻。
在这些纵向的研究中发现5和10年中其各自的hbeag转阴率大约为50%和70%。大多数研究均发现在儿童时期血清e抗原的中位自然年转阴率为15%，大多数的亚洲儿童其alt正常，自发的e抗原转阴率维持在很低的水平，3岁之前感染hbv的e抗原转阴率小于2%，3岁以后感染的小于4～5%。
决定e抗原转阴的因素包括性别、年龄、alt水平和hbv基因型。长期抗原携带者和女性易于清除hbeag转化为抗-hbe，有报告532名阿拉期加土著hbeag阳性慢性肝炎病人，用cox回归分析方法证实0～18岁、19～30岁和31～78岁其5年内hbeag转阴率分别为33%、52% 和76%。血清alt水平超过正常值上限（uln）5倍以上的患者1年内hbeag自然转阴率超过50%，而那些血清alt水平低于5倍uln的患者则小于10%。通常在hbeag血清转换之前有肝炎急性发作，反映免疫介导的受染肝细胞坏死的alt水平会上升至10倍uln或2倍基线水平以上，hbv- dna水平在早期升高，而疾病发作时则下降，这种状况可以持续2到4个月。在有些病例中，肝炎发作之后没有出现hbeag血清转换，应看作是血清转换失败。这些肝炎发作通常是无症状的，但那些有肝硬化或早期肝纤维化的患者，出现急性肝炎的症状可以引起肝功能失代偿，甚至肝细胞大块坏死。
hbv根据核苷酸的排列可以分为a～g七个基因型，所有来自亚洲的研究均证实了b基因型比c基因型更早出现hbeag血清转换，这就可以解释b基因型的病人发生进展性肝炎的可能性要少。
作为肝脏疾病清除标志的hbeag血清转换与慢性乙型肝炎转化成hbsag携带者状态有关。hbeag血清转换后只有少数患者有持续的alt水平升高和hbv-dna定量增多。这些病人在hbeag血清转换后肝炎复发，从而形成一组hbeag阴性的慢性乙型肝炎。
